在大掌门2的后期阶段，西门吹雪阵营的综合实力最为突出。该阵营的核心弟子西门吹雪拥有极强的群攻能力，配合叶孤城的合璧技能可形成高额爆发伤害，同时燕南天作为坦克能有效吸收伤害，整体阵容攻守兼备。西门阵营的优势在于资源获取效率与PVP表现均衡，尤其在重铸等级提升后，其残局处理能力显著优于其他阵营。
萧十一郎阵营在后期同样具备竞争力，但更侧重于持续输出与控制。萧十一郎与沈璧君的合璧技能附带流血效果，配合楚留香的真气干扰能力可打乱敌方节奏。该阵营在血战推图中表现优异，但面对高防御目标时输出效率会下降。需萧十一郎阵营对弟子培养顺序和技能释放时机有较高要求，操作复杂度略高于西门阵营。
李寻欢阵营在后期属于特化型选择，其极限单点爆发能力可快速击杀关键目标。阿飞作为核心坦克提供保护，快活王则通过反弹机制增强生存。该阵营对装备属性依赖度较高，需要精准的属性分配才能发挥最大效果。与西门阵营相比，李寻欢阵营的泛用性较弱，但在特定战斗场景中仍有一席之地。
金将阵容是后期的高阶选择，其中孟星魂、燕十三等金将弟子能显著提升队伍上限。金将阵营通常以西门或萧十一郎体系为基础进行扩展，通过叠加特殊效果如无视防御、暴击增伤等机制突破常规战力瓶颈。这类阵容培养周期较长，需要合理规划资源投入方向。
阵营选择需结合弟子突破进度与资源储备情况。西门阵营适合追求稳定发展的玩家，萧十一郎阵营推荐擅长战术调配的玩家，李寻欢阵营则更适合偏好极限输出的玩家。无论选择哪种阵营，后期实力强弱最终取决于弟子培养深度与战斗策略的匹配程度。
