神兽抓捕的核心机制围绕特定道具、剧情触发和地图探索展开。玩家需通过主线剧情解锁关键道具，例如在满金市击败火箭队后获得金色或银色羽毛，这是捕捉凤王或洛奇亚的必要条件。部分神兽如炎帝、雷公、水君会在特定剧情后以游走形式出现，需通过地图追踪功能定位。部分神兽的捕捉需要完成隐藏任务，例如携带特定宝可梦触发遗迹事件。
游走类神兽的抓捕策略需结合地图机制。例如水君会按固定路线移动，玩家需在湛蓝市海滩、枯叶市港口等五个地点依次遭遇，最终在25号道路的高台完成捕捉。炎帝和雷公则随机出现在城都地区的草丛中，需通过手表地图功能实时追踪位置。这类神兽通常会在遭遇后立即逃跑，因此建议使用黑眼神或踩影特性宝可梦封锁其行动，或通过异常状态提高捕捉成功率。
固定位置的神兽如超梦、三圣鸟等需在通关后解锁。超梦位于华蓝市的华蓝之洞，需击败小智并取得全部徽章方可进入；三圣鸟则分布在关东地区的特定地点，如火焰鸟在白金山、急冻鸟在双子岛。这些神兽的捕捉需提前准备高等级宝可梦和充足的高级球，部分场景还需使用秘传技能如攀瀑闪光才能到达。
特殊联动神兽如裂空座、海皇牙等需通过跨版本通信或道具交换实现。例如裂空座的捕捉需将海皇牙和古拉顿传送到同一卡带，再向大木博士换取绿色宝石。而阿尔宙斯等神话宝可梦则需通过活动配信或特殊剧情触发。这类神兽的获取条件较为复杂，通常需要玩家完成图鉴收集或参与限时活动。
口袋妖怪银魂的神兽系统设计强调探索与策略的结合，玩家需通过剧情推进、道具收集和地图互动逐步解锁。不同神兽的捕捉方法差异显著，部分依赖即时反应，部分考验长期规划，这种多样性为游戏增添了深度和可玩性。
