稻妻水下遗迹的解谜核心在于水位控制和机关激活。荒海区域的水下遗迹需要先完成神樱大祓任务，触发地下通道开启。进入后需激活五个元素方碑，具体操作是击打右侧第二个石块两次，再击打左侧第二个石块两次，接着击打左侧第一个石块两次，最后击打最左侧石块一次。这套操作能点亮所有纹路并激活方碑，使水位完全下降。水位下降后，遗迹入口会显露出来，可直接靠近并开启遗迹大门。
荒海地下世界的方块谜题解法较为特殊。进入遗迹后左侧会出现由多个立方体组成的机关阵列，需按照特定规律击打。正确方法是攻击中间方块两次，水位会再次下降直至消失。返回门外区域，左侧会出现新的通道门，内部有遗迹守卫机器人需要击败。清除敌人后继续深入，即可发现传送锚点，激活后便能解锁稻妻水下区域的快速移动功能。
绀田村井底的水下遗迹涉及更复杂的雷元素机关。完成绀田事话任务后，用获得的钥匙打开枯井进入。井底需使用雷元素角色打破障碍物，穿过雷屏障时需要携带雷种子。内部镇物机关需按特定顺序调整勾玉数量：逆时针方向第二个机关转一下，对面机关转两下，第三个机关转三下。正确调整后启动净化仪式，击败出现的落武者即可完成解密。该区域还藏有华丽宝箱和后续任务所需的锈蚀钥匙。
鹤观岛水下遗迹的火炬解谜需要留意环境细节。遗迹内分布着多组雷元素石碑，必须按从左到右的顺序依次点亮。全部点亮后会触发与雷丘丘王的战斗，胜利后自动推进剧情。该区域还存在着需要留念镜观察的隐藏机关，使用任务道具照射特定地狐雕像，会显现出三个隐藏开关，全部启动后地面会出现新的通路。
稻妻水下锚点的解锁往往与遗迹解密直接关联。除常规解法外，部分锚点需要借助雷种子或大炮机关。例如在清籁岛区域，需用附魔雷种子的大炮轰击秘境裂缝；而在鸣神岛某些点位，则要通过留念镜解谜使洞底消失才能触及锚点。所有水下遗迹的共同特点是需要多阶段解谜，建议携带雷元素角色和弓箭手以应对各种机关类型。
