在口袋妖怪火红中击败四大天王并成为冠军后，玩家的冒险并未结束。通关后首要任务是前往大木博士研究所升级图鉴至386版，需收集超过60种宝可梦才能触发这一剧情。完成图鉴升级后，可乘坐船只前往七之岛展开全新探索，这些岛屿隐藏着火箭队残余势力、特殊道具及未收录的宝可梦。第一岛火焰山右侧的山洞内需击败火箭队成员，使用怪力技能推动岩石获取红宝石，该道具是解锁后续区域的关键。
七之岛的每个岛屿均有独立剧情与挑战。第五岛的记忆之塔需通过解谜获取关键道具，第六岛遗迹山谷需利用冲浪与攀瀑技能探索，最终可捕捉未知图腾等稀有宝可梦。部分岛屿设有训练师塔，对手强度显著提升，适合用于队伍练级与战术测试。冰洞深处藏有秘传机器07登瀑布，需协助冰系天王击败火箭队成员后方可获得。
通关后另一核心目标是捕捉传说宝可梦。超梦仍位于华蓝洞窟深处，需携带大师球或高等级宝可梦应对。通过特定条件可触发水都兄妹的遭遇事件，建议提前准备会黑眼神技能的宝可梦防止其逃跑。部分神兽需完成岛屿剧情后才出现，如三圣鸟需分别在三岛、五岛和七岛特定区域触发战斗。
冠军之路仍是理想的练级场所，野生宝可梦与训练师等级较高，可同步提升努力值。四岛水域的小水怪、三岛山洞后的土龙等特定地点能针对性刷取攻击或速度努力值。道具方面，建议定期检查商店库存，补充高级球与状态恢复药剂以备捕捉与战斗之需。
游戏终局内容强调自主探索与队伍完善。玩家可自由选择继续完成图鉴、挑战岛屿任务或优化战斗阵容。宝可梦网络中心开放跨版本通讯功能后，可交换火红版未收录的宝可梦。这种设计延长了游戏生命周期，使玩家能持续发掘关都地区之外的隐藏内容。
