少年三国志武将传的剧情围绕三国历史展开，但进行了艺术化改编，以少年英雄的视角重新诠释经典人物和事件。游戏从黄巾起义开始，逐步推进至三国鼎立，最终以晋统一为结局。剧情主线与历史脉络基本一致，但加入了原创角色和奇幻元素，例如仙师左慈的介入和传国玉玺的隐藏线索，使得故事更具传奇色彩。玩家在推进主线时会遇到关键历史人物，如刘备、曹操、孙权等，他们的成长轨迹与历史记载相似，但细节上更突出少年时期的意气风发。
武将传的剧情并非完全线性，而是通过名将副本的形式补充人物背景。玩家在主线第八章后解锁名将副本，首次通关可获得突破石和名将魂珠。这些副本分为武将传和史诗战役两类，前者聚焦单个武将的早年经历，后者则还原著名战役。部分剧情对历史事件进行了戏剧化处理，比如王允使用离间计的情节虽非史实，但符合人物形象，增强了故事的张力。游戏还通过支线任务补充细节，例如张郃的暗杀任务和太史慈的救援行动，这些内容虽为虚构，但丰富了角色的立体感。
剧情中的战斗设计紧密结合历史事件，例如虎牢关之战、官渡之战等大型战役均被还原为副本挑战。玩家在推进剧情时会经历多场关键战斗，这些战斗不仅考验策略，也推动剧情发展。部分关卡加入了特殊机制，如朱厌副本要求全骑兵阵容应对减速效果，而穷奇副本则需要召唤系武将破解高额伤害。这些设计让剧情体验更具层次感，同时避免单调重复。
游戏后期剧情偏向群雄争霸的混乱局面，玩家需要协助一方势力完成统一。结局部分保留了历史框架，但加入了开放式选择，例如是否接受献帝禅让等分支选项。武将传的剧情在尊重历史的基础上，通过少年视角和奇幻元素提升了娱乐性，既满足了三国爱好者的考据需求，也为普通玩家提供了轻松易懂的叙事体验。
